APLIKASI BAHASA PEMROGRAMAN R UNTUK ANALISIS QUANTITATIVE TRAIT LOCI (QTL) TERKAIT KETAHANAN PENYAKIT LAYU PHYTOPHTHORA CAPSICI PADA TANAMAN CABAI (Capsicum annuum)

Abstract

Tanaman cabai (Capsicum annuum) merupakan salah satu komoditas pangan strategis di Indonesia. Tingkat konsumsi yang tinggi membuat permintaan cabai selalu meningkat tiap tahunnya. Salah satu penyakit tanaman cabai berasal dari jamur Phytophthora capsici yang mengakibatkan tanaman menjadi busuk. Sifat resistensi terhadap Phytophthora capsici diatur oleh beberapa gen. Gen mayor dilaporkan terdapat pada kromosom ke-5. Penelitian ini bermaksud memodelkan pengaruh marka terhadap ketahanan Phytophthora capsici pada tanaman cabai dengan menggunakan analisis Quantitative Trait Loci (QTL). Data yang digunakan adalah marka Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) hasil persilangan populasi cabai Criollo Del Morello (CM) 334 dan cabai jenis lokal Jak-5673. Hasil analisis QTL terhadap 27 marka dengan metode Multiple Imputation diperoleh model y ~ Q1 + Q2 + Q3 + Q1:Q2. Model ini mampu menjelaskan 46.3% variansi ketahanan tanaman cabai terhadap Phytophthora capsici. Marka signifikan yang terkait ketahanan terhadap Phytophthora capsici adalah PMMCB81 di posisi 121 cM (Q1), PMMCB34 posisi 159.31 Cm (Q2), dan MCA32 di posisi 256.48 cM (Q3).