IMPLEMENTASI ALGORITMA CC BICLUSTERING PADA DATA BIOINFORMATIKA (Studi kasus : Pengelompokkan Data Maize Growth Stages )

Abstract

Jagung (Zea Mays L) memiliki peran dalam berbagai bidang industri maupun pembangunan pertanian di Indonesia. Permintaan akan jagung akan sebanding dengan kebutuhan jagung yang semakin meningkat. Sehingga dibutuhkan usaha untuk meningkatkan ketersediaan jagung, salah satu cara dengan memperoleh sifat-sifat jagung yang baik sehingga memperoleh hasil maksimal dengan cara pemuliaan tanaman. Seleksi yang akurat terhadap suatu karakter yang diinginkan dari tanaman adalah dengan berdasarkan pada gen yang mengendalikan karakter tersebut. Berdasarkan gen ekspresi pada organ jagung, penulis ingin mengetahui gen dan organ jagung yang memiliki kesamaan secara koheren. Maize growth stages (MGS) merupakan data pengelompokkan organ jaringan jagung berdasarkan nilai gen name apakah termasuk kelompok tahap pertumbuhan jagung vegetatif atau tahap pertumbuhan reproduktif. Dalam hal ini, digunakan sebuah cabang ilmu machine learning yang dapat mengelompokkan gen dan organ jagungsecara simultan yaitu algoritma CC biclustering dengan bantuan program RStudio dengan tambahan packages bioinformatika. Terdapat 3 tahap dalam pengolahannya yaitu input data, filtering untuk mereduksi data dan analisis CC biclustering. Berdasarkan hasil analisis CC biclustering menggunakan nilai δ = 0.5 dan α= 1, ditemukan 32 bicluster. Ditemukan gen Zm00001d043857 yang koheren dengan organ Post_Pollination yang merupakan organ jagung pada tahap perkembangan reproduksi saat serbuk sari bertemu dengan ovum. Dari informasi ini dapat dijadikan kajian dalam pemulian jagung.