APLIKASI ALGORITMA MOTIF EKSPRESI (xMotif) BICLUSTERING PADA DATA GENE EXPRESSION MAIZE GROWTH STAGES (Studi Kasus: Bicluster Organ Maize Growth Stages)

Abstract

Jagung (Zea Mays L) adalah tanaman panganan terpenting dunia setelah gandum dan padi. Peningkatan produktivitas jagung dapat meningkatkan ketersediaan pasokan jagung, untuk mengatasi permintaan produktivitas jagung dilakukan dengan teknik budidaya yang tepat yaitu mensinergikan kebutuhan tanaman dalam setiap fase pertumbuhan dengan input yang harus diberikan. Tahap pertumbuhan jagung terdiri dari tahap pertumbuhan vegetatif dan tahap pertumbuhan reproduktif. Berdasarkan tahap pertumbuhan jagung, peneliti ingin melakukan pengelompokkan dari tahap pertumbuhan jagung berdasarkan gen name pada setiap organ jaringan jagung pada data maize growth stages. Sebelum melakukan analisis pada data maize growth stages akan dilakukan dua tahap filtering yaitu filtering pertama dengan membuang baris probe yang memiliki rata-rata sama dengan nol (0) dan filtering kedua menggunakan fungsi t-test dengan nilai signifkansi 0.0001. Hasil dari filtering ini memberikan data dengan dimensi 512 x 68. Selanjutnya data dimensi 512 x 68 digunakan untuk analisis biclustering menggunakan algoritma xMotif. Hasil dari analisis ini di dapatkan 53 biclustering dengan nilai rata-rata ekspresi tertinggi ada pada bicluster satu terdiri dari 22 gen, dengan gen yang memiliki nilai ekspresi terbesar adalah Zm00001d034773 dan 18 organ jagung yang memiliki nilai ekspresi gen tertinggi yaitu blade. Blade merupakan organ jagung termaksud kedalam fase vegetative. Hal ini menunjukan bahwa hasil dari bicluster ini dapat dijadikan kajian dalam pemulian jagung pada tahap perkembangan vegetatif.