IMPLEMENTASI BICLUSTERING DENGAN ALGORITMA PLAID PADA DATA MAIZE GROWTH STAGE

Abstract

Data ekspresi gen merupakan teknologi yang handal dalam menjelaskan tentang fungsi genomik dalam ilmu kehidupan. Pada kasus ini, kami menggunakan data ekspresi gen maize growth stage yang didapat dari Maize qTeller. Data tersebut di analisis dengan biclustering algoritma plaid untuk mencari clustering secara bersamaan pada dimensi baris dan kolom. Sebelum di analisis algoritma plaid, terlebih dahulu dilakukan filtering untuk menghilangkan missing value dan uji t untuk mengurangi baris yang yang memiliki p-value dibawah 0.0001. Analisis algoritma plaid menggunakan paket RcmdrPlugin.BiclustGUI di R. Kami menggunkan beberapa parameter yaitu shuffle=3, back.fit=0, max.layers=20,iter.startup=5, iter.layer=10. Maka dapat diketahui hasil 5 bicluster di antaranya bicluster 1 berdimensi 2 gen dan 35 organ, bicluster 2 berdimensi 2 gen dan 16 organ, bicluster 3 berdimensi 6 gen dan 30 organ, bicluster 4 berdimensi 3 gen dan 10 organ, bicluster 5 berdimensi 47 gen dan 24 organ.