| dc.description.abstract | Latar belakang : Pemalsuan produk pangan, termasuk penambahan daging ayam
tanpa pencantuman pada label, masih menjadi permasalahan sehingga diperlukan
metode autentikasi yang akurat. Real-Time PCR dengan primer spesifik gen
mitokondria 12S rRNA merupakan salah satu metode yang banyak digunakan.
Penelitian sebelumnya masih menunjukkan pembentukan primer-dimer sehingga
spesifisitas metode belum optimal. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk
mendesain ulang primer sehingga diperoleh kondisi amplifikasi yang lebih optimal
dan presisi.
Tujuan : Mengetahui kondisi optimasi dan tingkat presisi metode Real-Time PCR
menggunakan primer spesifik gen 12S rRNA dalam analisis DNA ayam.
Metode : Sampel berupa daging ayam mentah diisolasi DNA-nya menggunakan
metode spin column dengan FavorPrepTM Food DNA Extraction Kit. Kemurnian
DNA hasil isolasi dievaluasi menggunakan spektrofotometer UV-VIS NanoDrop.
Selanjutnya dilakukan optimasi metode Real-Time PCR meliputi optimasi
konsentrasi primer, suhu annealing, dan jumlah siklus untuk memperoleh kondisi
analisis yang optimal. Pengujian dilanjutkan dengan uji presisi dan hasil analisis
dievaluasi berdasarkan kurva amplifikasi, kurva leleh, nilai quantification cycle
(Cq), dan melting temperature (Tm).
Hasil : Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil desain ulang primer bersifat
spesifik terhadap DNA ayam (Gallus gallus) berdasarkan uji in silico. Hasil kadar
DNA ayam didapatkan 108,84 dan 274,37 ng/μL dengan rasio A260/A280 sebesar
1,87–1,88. Kondisi optimum reaksi diperoleh pada suhu annealing 61,7°C selama
30 detik, konsentrasi primer forward dan reverse masing-masing 10 μM, serta 40
siklus. Pengujian presisi menghasilkan nilai %RSD sebesar 8,50% untuk nilai Cq
dan 0,00% untuk nilai Tm, sehingga memenuhi kriteria ICH (<15%).
Kesimpulan: Metode real-time PCR menggunakan primer hasil desain ulang pada
gen 12S rRNA ayam berhasil dioptimasi dan memenuhi syarat parameter presisi. | en_US |
