Identifikasi DNA Ayam (Gallus gallus) Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Target Gen 12S rRNA

Abstract

Latar belakang : Pemalsuan produk pangan, termasuk penambahan daging ayam tanpa pencantuman pada label, masih menjadi permasalahan sehingga diperlukan metode autentikasi yang akurat. Real-Time PCR dengan primer spesifik gen mitokondria 12S rRNA merupakan salah satu metode yang banyak digunakan. Penelitian sebelumnya masih menunjukkan pembentukan primer-dimer sehingga spesifisitas metode belum optimal. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mendesain ulang primer sehingga diperoleh kondisi amplifikasi yang lebih optimal dan presisi. Tujuan : Mengetahui kondisi optimasi dan tingkat presisi metode Real-Time PCR menggunakan primer spesifik gen 12S rRNA dalam analisis DNA ayam. Metode : Sampel berupa daging ayam mentah diisolasi DNA-nya menggunakan metode spin column dengan FavorPrepTM Food DNA Extraction Kit. Kemurnian DNA hasil isolasi dievaluasi menggunakan spektrofotometer UV-VIS NanoDrop. Selanjutnya dilakukan optimasi metode Real-Time PCR meliputi optimasi konsentrasi primer, suhu annealing, dan jumlah siklus untuk memperoleh kondisi analisis yang optimal. Pengujian dilanjutkan dengan uji presisi dan hasil analisis dievaluasi berdasarkan kurva amplifikasi, kurva leleh, nilai quantification cycle (Cq), dan melting temperature (Tm). Hasil : Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil desain ulang primer bersifat spesifik terhadap DNA ayam (Gallus gallus) berdasarkan uji in silico. Hasil kadar DNA ayam didapatkan 108,84 dan 274,37 ng/μL dengan rasio A260/A280 sebesar 1,87–1,88. Kondisi optimum reaksi diperoleh pada suhu annealing 61,7°C selama 30 detik, konsentrasi primer forward dan reverse masing-masing 10 μM, serta 40 siklus. Pengujian presisi menghasilkan nilai %RSD sebesar 8,50% untuk nilai Cq dan 0,00% untuk nilai Tm, sehingga memenuhi kriteria ICH (<15%). Kesimpulan: Metode real-time PCR menggunakan primer hasil desain ulang pada gen 12S rRNA ayam berhasil dioptimasi dan memenuhi syarat parameter presisi.