Analisis Differentially Expressed Genes (DEGS) dan Jalur Biologis untuk mengidentifikasi Perbedaan Respon Imun terhadap Infeksi Bakteri, Jamur, dan Virus (Studi Kasus : Dataset GSE277849)

Abstract

Infeksi adalah proses patologis yang diakibatkan oleh keberadaan dan pertumbuhan mikroorganisme patogen di dalam tubuh yang dapat disebabkan oleh berbagai mikroorganisme diantaranya bakteri, jamur, dan virus. Hal tersebut dapat menyerang jaringan inang dan memicu respons imun dengan tingkat keparahan yang bervariasi. Infeksi yang disebabkan oleh bakteri, jamur (candidemia), dan virus seringkali memiliki gejala klinis yang hampir sama, sehingga penting untuk dapat membedakan keduanya agar dapat dilakukan treatment yang tepat. Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu pengumpulan data ekspresi gen dari dataset GSE277849, preprocessing data untuk memastikan kualitas data, analisis diferensial dengan menggunakan metode moderated t-test untuk mengidentifikasi perbedaan ekspresi gen (DEG) pada infeksi yang disebabkan oleh bakteri dan candidemia, serta visualisasi hasil dengan volcano plot. Berdasarkan analisis menunjukkan bahwa aktivasi jalur interferon tipe I dan respons antiviral mendominasi infeksi virus. Sebaliknya, mekanisme yang mengatur sitokin proinflamasi, inflammasome, dan pengenalan patogen adalah yang paling menonjol. Penelitian ini memberikan gambaran sistemik mengenai perbedaan mekanisme imunologis antar patogen serta membuka peluang untuk pengembangan biomarker diagnostik presisi. Identifikasi hub genes menunjukkan potensi biomarker molekuler yang dapat digunakan untuk membedakan etiologi infeksi berbasis respons imun host.