Validasi Metode Identifikasi Gen Ayam (Gallus Gallus Domesticus) pada 12S RRNA menggunakan Real-time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Latar Belakang: Pemalsuan produk pangan, seperti penambahan daging ayam dalam produk olahan, merupakan isu penting dalam industri makanan sehingga perlu adanya proses autentikasi. Autentikasi dilakukan untuk memastikan kesesuaian isi produk dengan label. Validasi metode diperlukan untuk

membuktikan bahwa prosedur analisis menggunakan metode Real-Time PCR- spesific primer 12S rRNA dapat digunakan untuk proses autentikasi.

Tujuan: Untuk mengetahui kondisi optimal analisis, presisi, sensitivitas, dan spesifisitas metode Real-Time PCR-spesific primer pada gen 12S rRNA dalam mendeteksi DNA ayam dalam produk olahan. Metode: Sampel berupa daging ayam pedaging segar yang diperoleh dari toko swalayan di Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. DNA diisolasi menggunakan protokol Favorprep Food DNA Extraction Kit dengan metode spin column dan dicek kemurniannya menggunakan nanodrop spektrofotometer UV-Vis. Optimasi dilakukan untuk memperoleh kondisi analisis yang optimal. Uji presisi, sensitivitas, dan spesifisitas dilakukan menggunakan Real-Time PCR, dengan hasil dievaluasi menggunakan kurva amplifikasi dan kurva leleh. Hasil: Hasil kadar DNA ayam didapatkan 341,58 ng/μL dan 82,52 ng/μL dengan rasio kemurnian OD 260/280 1,88 dan 1,86. Kondisi optimal Real-Time PCR, yaitu pra-denaturasi 95 oC 2 menit, denaturasi 95 oC 30 detik, annealing 61,7

oC 30 detik, elongasi 72 oC 30 detik, dan pembacaan kurva leleh sebanyak 28 siklus dengan konsentrasi primer 5 pmol. Hasil uji presisi didapat RSD 1,79% untuk nilai Ct dan 0,33% untuk nilai Tm, hasil batas deteksi mencapai kadar 3,4158 pg/μL, serta hasil uji spesifisitas yang menunjukkan primer spesifik hanya pada daging ayam dan didapat nilai melting temperature (Tm) ayam 79,50 oC.