Implementasi Metode Maximum Likelihood dalam Analisis Filogenetika Virus MPXV (Monkeypox) (Studi Kasus : Kekerabatan Jenis Virus Monkeypox)

Abstract

MonkeyPox merupakan salah satu masalah global belakangan ini. Penyebabnya adalah penyebaran virus dari infeksi monyet yang menyalur kepada manusia secara global. Penelitian ini menggunakan n = 106 DNA genom virus dari berbagai negara, termasuk sampel dari Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji hubungan evolusioner antar genom virus MPXV (Monkeypox) melalui rekonstruksi pohon filogenetika, guna memahami penyebaran dan perkembangan berbagai varian di sejumlah benua. Dalam penelitian ini, analisis filogenetika yang dilakukan yaitu dengan metode maximum likelihood dalam konteks filogenetika molekuler, dengan tujuan memberikan wawasan biologis terkait diversitas varian MPXV. Data yang digunakan merupakan data sekunder yang diperoleh dari basis data GISAID. Proses analisis melibatkan sejumlah perangkat lunak bioinformatika, termasuk Jalview, MAFFT, MEGA-X, Microsoft Excel, Power BI, dan iTOL v5. Penelitian ini menggunakan metode maximum likelihood, dengan model substitusi untuk DNA adalah GTR+G+I. Hasil dari analis penelitian ini yaitu rekontruksi pohon filogenetika yang di tambahkan dengan phenotype, adapun hasil dengan menggunakan metode maximum likelohood dengan model substitusi DNA GTR+G+I. Hasil analisis menunjukkan bahwa terdapat Clade I, II, dan IIb yang menjadi induk clade yang terbagi menjadi tiga klaster yang di tandai dengan berbagai varian warna. Selain itu, hasil juga menunjukan adanya lineage (garis turunan dari induk clade) seperti pada clade I terdapat sub-clade Ia dan Ib dan lineage garis keturunan dari clade II dan IIb yang paling banyak tersebar, seperti IIa, IIb ,IIb B.1 , IIb C.1 , IIb 1.B.20 , IIB C.1.1, IIb A, IIb A.2 , IIb B.1.6, IIb B.1.7, IIb B.1.2, IIb C.1, IIb B.1.22, IIb A2, IIb A.1, IIb A.2.1, IIb B.1.1, IIb B.1.10, IIb B.1.17, IIb B.1.3, IIb A.2.2, IIb B.1.1, IIb B.1.10, IIb B.1.11, IIb B.1.20, IIb B.1.3, IIb B.1.6 dan IIb. Dari beberapa sampel menunjukkan adanya garis keturunan yang berasal dari Indonesia yaitu IIb C.1 yang berasal dari clade IIb.