Validasi Metode Identifikasi Gen Ayam (Gallus Gallus Domesticus) Pada 12s RRNA Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR)

Abstract

Latar belakang: Pencampuran daging ayam dan sapi pada berbagai produk olahan makanan marak terjadi di pasaran. Hal tersebut dilakukan oleh produsen untuk mendapatkan keuntungan lebih banyak. Validasi metode harus dilakukan untuk memastikan autentikasi makanan dengan metode PCR-spesifik primer 12S rRNA, sehingga penelitian yang dilakukan dapat dibuktikan keabsahannya. Tujuan: Untuk mengetahui sensitivitas dan spesifisitas metode PCR-specific primer dalam mendeteksi daging ayam. Metode: Desain spesifik dan uji kualitas menggunakan Primer-Blast dan Oligoanalyzer. Preparasi dan isolasi daging ayam menggunakan protokol Favorprep Food DNA Extraction Kit. Hasil isolasi DNA diukur berdasarkan nilai konsentrasi dan kemurnian DNA untuk mengetahui kadar DNA. Pengecekan spesifisitas primer dengan kontrol ayam, babi, sapi, dan NTC (No Tamplate Control) serta pengenceran bertingkat konsentrasi primer untuk pengecekan sensitivitas berdasarkan visualisasi elektroforesis gel agarosa. Hasil: Desain primer didapatkan forward: CCACCGCGGTCATACAAGAA dan reverse: TTGGGTCCTAGCTTTCGTGG dan hasil konsentrasi DNA 367,92 ng/uL dan kemurnian DNA 1,90. Kondisi optimasi PCR yang digunakan, yaitu pra-denaturasi 98o C selama 3 menit, denaturasi 98o

C selama 45 detik, annealing 62,4o

C selama 45

detik, extension suhu 72o

C selama 30 detik dan post-extension 72o

C selama 3 menit dengan komposisi primer 20 pmol. Hasil uji spesifisitas primer 12s rRNA menunjukan primer spesifik pada daging ayam dan tidak membentuk pita pada DNA sapi, babi, dan NTC serta hasil limit deteksi yang dapat dideteksi primer hingga kadar 36,792 x 10-11 ng/μL. Kesimpulan: Metode PCR yang digunakan secara spesifik mendeteksi DNA ayam pada sampel daging segar. Bagaimana pun, metode ini perlu diujikan pada sampel berupa produk olahan. Metode yang didapatkan spesifik dan terdeteksi pada kadar terendah, yaitu 36,792 x 10-11 ng/μL.