Optimasi metode real-time polymerase chain reaction berbasis gen 12S rRNA untuk identifikasi sapi (Bos taurus)

Abstract

Latar belakang: Risiko adulterasi daging sapi dengan daging spesies lain serta reaktivitas silang antarspesies masih menjadi permasalahan dalam rantai pasok produk berbahan dasar sapi. Oleh karena itu, autentikasi produk tersebut diperlukan untuk memastikan keakuratan identifikasi spesies daging. Metode berbasis DNA dipilih karena lebih stabil terhadap proses pengolahan dibandingkan metode berbasis protein. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi kondisi dan mengevaluasi presisi metode Real-Time PCR menggunakan primer baru berbasis gen 12S rRNA untuk deteksi DNA sapi. Tujuan: Penelitian ini merupakan pembaruan dari studi sebelumnya untuk mengatasi masalah primer-dimer dengan desain ulang primer spesifik pada gen 12S rRNA. Metode: Primer dirancang menggunakan NCBI Primer-BLAST. Isolasi DNA dilakukan dengan metode spin column, dilanjutkan pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA. Optimasi kondisi reaksi Real-Time PCR dilakukan sebelum uji presisi berdasarkan nilai Cq dan Tm. Hasil: Primer terpilih menghasilkan amplikon 154 bp dan terbukti spesifik secara in silico. DNA hasil isolasi memiliki konsentrasi 73,07 ng/μL dengan kemurnian A260/280 1,89. Kondisi optimum diperoleh pada suhu annealing 67,5°C dengan 32 siklus amplifikasi. Uji presisi menghasilkan %RSD Cq sebesar 0,48% dan %RSD Tm sebesar 0,26%. Kesimpulan: Metode Real-Time PCR gen 12S rRNA berhasil dioptimasi dan menunjukkan presisi yang baik sebagai dasar untuk validasi metode lebih lanjut.