Uji robustness metode multiplex polymerase chain reaction untuk identifikasi DNA daging babi

Abstract

Latar belakang: Identifikasi DNA babi penting untuk menjamin kehalalan produk pangan. Penelitian sebelumnya telah berhasil mengembangkan metode multiplex polymerase chain reaction (multiplex PCR) menggunakan target gen 12S rRNA untuk identifikasi DNA babi, ayam, dan sapi dengan spesifisitas tinggi serta memiliki batas deteksi 2,74-32,72 pg/μL. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi ketahanan (robustness) metode tersebut terhadap variasi suhu annealing dan pH buffer PCR. Tujuan: Mengevaluasi ketahanan metode multiplex PCR terhadap variasi suhu annealing dan pH buffer. Metode: Penelitian diawali dengan melakukan isolasi DNA babi, sapi, ayam, dan ikan tenggiri, dilanjutkan dengan pemeriksaan kualitas DNA, dan amplifikasi menggunakan metode multiplex PCR. Uji robustness dilakukan pada variasi suhu annealing 58°C dan 62°C serta pH buffer PCR sebesar 7,8 dan 9,7. Hasil amplifikasi divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarosa 1%. Hasil: Variasi suhu annealing 58°C dan 62°C menghasilkan pita DNA target yang konsisten tanpa adanya amplifikasi pada kontrol negatif dan No Template Control (NTC). Sebaliknya, pada variasi pH buffer 7,8 dan 9,7 amplifikasi DNA target tidak optimal, dan target tidak teridentifikasi secara jelas. Kesimpulan: Metode multiplex PCR terbukti robust terhadap variasi suhu annealing, tetapi tidak robust terhadap variasi pH buffer PCR.