| dc.description.abstract | Propionibacterium acnes adalah bakteri anaerob Gram-positif yang terlibat
dalam patogenesis jerawat. Minyak nyamplung mengandung senyawa bioaktif
yang diketahui memiliki aktivitas antimikroba dan antiinflamasi. Penelitian ini
mengevaluasi secara komprehensif 25 senyawa aktif dari minyak nyamplung
sebagai kandidat inhibitor protein target utama P. acnes menggunakan pendekatan
in silico. Struktur senyawa diperoleh dari PubChem, disaring menggunakan PASS
Online untuk memprediksi aktivitas biologis, dinilai kesesuaian sifat obatnya
(aturan Lipinski melalui SwissADME) serta profil farmakokinetiknya (ADMET
melalui pkCSM). Empat protein target dipilih berdasarkan perannya dalam
patogenesis, yaitu penicillin-binding protein (PDB: 3UPO A), JNK1/MAPK8
(PDB: 3V3V), lipase (PDB: 5H6G), dan β-ketoacyl-[acyl-carrier-protein]
synthase III (PDB: 6A9N), dengan struktur diambil dari RCSB PDB. Molecular
docking dilakukan menggunakan PyRx, divisualisasikan dengan Biovia Discovery
Studio, dan dilanjutkan simulasi dinamika molekular 15 ns menggunakan
YASARA untuk mengevaluasi stabilitas ikatan (RMSD dan Rg). Hasil screening
mengidentifikasi enam senyawa terbaik Inophyllum E, Inophyllum A, Inophyllum
B, Inophyllum C, Inophyllum P, dan Calophyllolide yang memiliki prediksi
aktivitas antibakteri dan antiinflamasi tinggi serta profil ADMET yang baik. Hasil
docking menunjukkan afinitas ikatan yang kuat terhadap keempat protein target
(−7,8 hingga −9,4 kcal/mol). Simulasi dinamika molekular menunjukkan kompleks
Inophyllum E–6A9N memiliki stabilitastertinggi (RMSD: ~0,3–0,65 Å, Rg: ~3,81–
3,94 Å, afinitas ikatan: −9,3 kcal/mol), sehingga 6A9N menjadi target paling
potensial untuk dihambat. | en_US |
