Validasi Metode Identifikasi Daging Sapi (Bos Taurus) Pada 12s rRNA dengan Real-time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Latar Belakang: Produk pangan hewani seperti daging sapi sering mengalami pencampuran dengan spesies lain yang lebih murah sehingga diperlukan teknik deteksi untuk memastikan keaslian daging sapi dalam produk pangan. Deteksi ini dapat dilakukan dengan metode Real-Time PCR menggunakan primer spesifik gen 12S rRNA. Validasi metode dilakukan untuk menjamin metode pengujian memenuhi persyaratan yang ditentukan dan sesuai dengan tujuan penggunaannya. Tujuan: Untuk mengetahui spesifisitas, sensitivitas, dan presisi metode Real-Time PCR-spesific primer 12S rRNA dalam mendeteksi DNA sapi. Metode: Isolasi DNA sampel dilakukan menggunakan metode spin column. Kualitas DNA dianalisis berdasarkan pengukuran kadar dan kemurniannya. Metode dan formula Real-Time PCR dioptimasi kemudian dilakukan uji validasi primer forward dan reverse meliputi parameter spesifisitas, sensitivitas, dan presisi. Evaluasi hasil berdasarkan nilai Cq (Quantification cycle) dan suhu leleh (Tm). Hasil: Pengukuran konsentrasi DNA yang diperoleh adalah 327,26 ng/μL dan 68,35 ng/μL dengan kemurnian masing – masing 1,87 dan 1,85. Hasil optimasi kondisi Real-Time PCR yang digunakan adalah pra-denaturasi pada suhu 95°C selama 2 menit, denaturasi 95°C selama 30 detik, annealing 61,7°C selama 30 detik, amplifikasi 72°C selama 30 detik, analisis suhu leleh pada rentang suhu 55°C– 95°C, jumlah siklus reaksi 25 kali, konsentrasi primer 10 pmol, dan volume DNA template sebesar 1 μL. Hasil uji presisi %RSD sebesar 1,3% dengan nilai batas deteksi 0,03 ng/μL. Uji spesifisitas menunjukkan primer hanya mengamplifikasi DNA sapi dengan suhu leleh (Tm) 78,50°C. Kesimpulan: Metode Real-Time PCR dengan primer spesifik gen 12S rRNA memiliki spesifisitas, sensitivitas, dan presisi yang baik sehingga dapat digunakan untuk autentikasi kehalalan dan keaslian daging sapi dalam produk pangan olahan.