Studi in silico kandungan senyawa dalam daun jambu biji (psidium guajava L) sebagai anti covid-19

Abstract

Daun Jambu Biji (Psadium guajava L) mengandung senyawa kuersetin dan tanin yang memiliki aktivitas antivirus, anti bakteri, antitumor, antiangiogenik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektifitas senyawa daun jambu biji sebagai anti Covid-19. Langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini yaitu preparasi protein dan ligan, optimasi senyawa, molecular docking uang terdiri dari preparasi ligan, preparasi protein, preparasi gribox, tahapan docking, running Autodock dan analyze docking result. Molecular docking adalah metode in silico berbasis komputasi untuk mencari pola komputasi untuk mencari pola interaksi yang paling tepat antara , molekul ligan dan resptor. Dalam proses docking akan diperoleh Rerank score (RS) atau nilai energi ikatan yang menunjuka kestabilan konformasi antara ligan dengan reseptor. Pada penelitian ini digunakan beberapa aplikasi yaitu PyMOL, Avogadro dan Autodock. Pada penelitian ini digunakan senyawa kurestin dan tanin sebagai ligan dan protein 6LU7 sebagai reseptor. Diperoleh hasil energi ikatan kuresetin sebesar -7,25 kcal/mol dengan nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) sebesar 1,56 A dan tanin sebesar -2,15 kcal/mol dengan nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) sebesar 1,35 A. Dapat disimpulkan bahwa tingkat kestabilan senyawa kuersertin cukuo baik dibandingkan senyawa tanin terhadap reseptor 6LU7, akan tetapi belum cukup baik bila dibandingkan dengan standar remddesivir.