Kompetensi bisnis yang semakin tajam, serta perkembangan komunikasi dan transportasi, memotivasi pelaku usaha untuk mengelola lebih mengefisiensikan pergudangannya. Semua aktifitas warehousing harus dapat menciptakan output level yang tinggi kepada semua customer tetapi dengan input pengelolaan yang seminimum mungkin. Maka perlu diefisienkan  variabel-variabel di dalam gudang. Dalam penelitian ini menggunakan perbaindingan antara gudang bahan makanan yang salah satunya adalah PT. Madukismo DMU (Decision Making Unit) 1 (gudang produksi gula pasir) untuk data aktualnya dan 2 gudang lainya adalah dari UD. Sinar barokah DMU (Decision Making Unit) 2 (gudang produksi gula pasir) dan UD. Putra Lestari DMU (Decision Making Unit) 3 (gudang produksi tepung tapioka) . Peneliti menggunakan metode DEA untuk memperbaiki target gudang dan melihat DMU yang efisien dan yang tidak efisien dengan dasar perhitungan KPI Frazelle. Penelitian di PT Madu Kismo dilakukan dari tanggal 9 Juni sampai 9 Juli 2016. Dari hasil analisa, berdasarkan penelitian menggunakan CRS (Constant Return of Scale) primal yang menjadi DMU yang tidak efisien adalah DMU 1 dengan nilai efisienrelatif 0.7030000. Perbaikan target menggunakan metode CRS (Constant Return of Scale) dual dan VRS (Variabel Return of Scale). Perbaikan target didapatkan dari model VRS (Variabel Return of Scale) dengan perubahan target perbaikan, storage untuk utilitas dari 8% menjadi 5.82% dan target perbaikan untuk order picking dari 10 unit/menit menjadi 7.38 unit/menit. 
Kata Kunci : KPI, DEA ,DMU, CRS  primal, CRS dual, VRS  dan Perbaikan Target